മദ്രസകള്‍ക്കെതിരായ ഉത്തര്‍പ്രദേശിലെ ബിജെപി സര്‍ക്കാരിന്റെ നീക്കങ്ങള്‍ക്ക് വന്‍തിരിച്ചടി. 2004ലെ യുപി മദ്രസ വിദ്യാഭ്യാസ നിയമത്തിന്റെ സാധുത സുപ്രീം കോടതി ശരിവച്ചു. മദ്രസകള്‍ക്ക് പ്രവര്‍ത്തിക്കാമെന്നും നിയമം ഭരണഘടനുടെ അടിസ്ഥാനതത്വങ്ങളെ ബാധിക്കുന്നില്ലെന്നും ചീഫ് ജസ്റ്റിസ് ഡിവൈ ചന്ദ്രചൂഡ് അധ്യക്ഷനായ ബെഞ്ച് വ്യക്തമാക്കി.
മദ്രസകള്‍ അടച്ചുപൂട്ടാനുളള ദേശീയ ബാലാവകാശ കമ്മീഷന്റെയും 2004ലെ മദ്രസ വിദ്യാഭ്യാസ ബോര്‍ഡ് നിയമം റദ്ദാക്കാനുളള യുപി സര്‍ക്കാരിന്റെയും നീക്കങ്ങള്‍ക്കാണ് സുപ്രീംകോടതിയില്‍ നിന്നും വലിയ തിരിച്ചടിയുണ്ടായത്. മദ്രസ ബോര്‍ഡ് സ്ഥാപിക്കുകയും ന്യൂനപക്ഷ ക്ഷേമ വകുപ്പിന് മദ്രസകളുടെ ഭരണം നല്‍കുകയും ചെയ്ത 2004ലെ ഉത്തര്‍പ്രദേശ് മദ്രസ വിദ്യാഭ്യാസ നിയമം സുപ്രീംകോടതി ശരിവച്ചു.
നിയമം റദ്ദാക്കിയ അലഹാബാദ് ഹൈക്കോടതി വിധി ചീഫ് ജസ്റ്റിസ് ഡിവൈ ചന്ദ്രചൂഡ് അധ്യക്ഷനായ ബെഞ്ച് റദ്ദാക്കി. മദ്രസകള്‍ക്ക് പ്രവര്‍ത്തിക്കാമെന്നും നിയമം ഭരണഘടനുടെ അടിസ്ഥാനതത്വങ്ങളെ ബാധിക്കുന്നില്ലെന്നും സുപ്രീംകോടതി നിരീക്ഷിച്ചു. മദ്രസകള്‍ ഔപചാരിക വിദ്യാഭ്യാസത്തിന്റെ ഭാഗം തന്നെയാണ്. മദ്രസാ നിയമം മതേതരത്വമല്ലെന്ന ഹൈക്കോടതി നിരീക്ഷണത്തെയും സുപ്രീംകോടതി വിമര്‍ശിച്ചു.
മൗലികാവകാശങ്ങള്‍ ലംഘിക്കുകയോ വ്യവസ്ഥകള്‍ ലംഘിക്കുകയോ ചെയ്താല്‍ മാത്രമേ ഒരു ചട്ടം റദ്ദ് ചെയ്യാന്‍ കഴിയൂ. ഏതെങ്കിലും നിയമനിര്‍മാണത്തില്‍ മതപരമായ കാരണങ്ങള്‍ ഉണ്ടെന്ന് ചൂണ്ടിക്കാണിച്ച്, അത് ഭരണഘടനാ വിരുദ്ധമെന്ന് പറയാനാവില്ലെന്ന് സുപ്രീംകോടതി വ്യക്തമാക്കി. മദ്രസ നിയമം സംബന്ധിച്ച് ഹൈക്കോടതി തെറ്റിദ്ധരിക്കപ്പെട്ടതായും സുപ്രീം കോടതി ചൂണ്ടിക്കാട്ടി.
എന്നാല്‍ ഉന്നത പഠനത്തിനായി ഫസില്‍, കമില്‍ ബിരുദങ്ങള്‍ ഉപയോഗിക്കാനാവില്ലെന്നും ഇവ യുജിസി നിയമത്തിന് വിരുദ്ധമാണെന്നും കോടതി വ്യക്തമാക്കി. വിവിധ മദ്രസാ മാനേജ്‌മെന്റുകളുടെയും അധ്യാപകരുടെയും സംഘടനകളുടെയും ഹര്‍ജിയിലാണ് സുപ്രധാന വിധി.